Trong tháng 5 năm 1990, Dudayev trở về Grozny, thủ đô Chechnya. Ông được bầu làm người đứng đầu của phe đối lập trong quốc hội Chechnya, với chủ trương giành độc lập cho Chechnya. Năm 1991, khi Liên Xô sụp đổ, Ban chấp hành Đại hội toàn quốc người Chechnya tổ chức bầu cử tổng thống và Nghị viện của nước Cộng hòa Chechnya mới. Dzokhar Dudayev được bầu làm tổng thống. Ngày 1/11/1991, Dudayev đơn phương tuyên bố thành lập nước Cộng hòa Chechnya độc lập. Trong tháng 11 năm 1991, Tổng thống Nga Boris Yeltsin gửi mấy trăm lính thuộc Bộ Quốc phòng đến Grozny, nhưng họ bị các quân của Dudayev chặn ở sân bay, và buộc phải trở về trên xe buýt. Nga từ chối công nhận nền độc lập của nước cộng hòa, nhưng do dự tiếp tục sử dụng vũ lực chống lại nhà nước ly khai này.